Deliberação 1319/2003. - Sob proposta do conselho científico da Faculdade de Ciências desta Universidade e pela deliberação 29/2003, da comissão científica do senado, de 31 de Março, é aprovado o seguinte:
Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática
PARTE I
Disposições gerais
1.º
Criação
A Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, confere os graus de mestre e doutor em Bioinformática.
2.º
Organização
1 - O Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática organiza-se, simultaneamente, pelo sistema de unidades de crédito (u. c.) (Decreto-Lei 173/80, de 29 de Maio) e pelo sistema de créditos ECTS (European Credit Transfer System).
2 - O plano de estudos da componente curricular, a fixar anualmente, inclui seminários e aulas teóricas e de laboratório de Bioinformática.
3 - Os créditos obtidos nas disciplinas que os alunos tenham realizado no curso de Pós-Graduação em Bioinformática da FCUL, a funcionar em parceria com o Instituto Gulbenkian da Ciência, serão contabilizados na parte curricular deste Programa. A conversão das classificações nas disciplinas realizadas será feita de acordo com a tabela referida no anexo I.
3.º
Coordenação
1 - O Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática é coordenado por um professor-coordenador responsável, que integrará, com mais dois elementos, a Comissão de Estudos Pós-Graduados (CEPG).
2 - A CEPG, nomeada pelo conselho científico, é constituída por três elementos escolhidos de entre os coordenadores dos programas de estudos pós-graduados dos Departamentos de Informática, Biologia e Química e Bioquímica e tem a responsabilidade da gestão do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática.
3 - Compete ao coordenador do Programa de Estudos Pós-Graduados:
a) A proposta dos planos de estudo;
b) A proposta de selecção de candidatos;
c) A proposta de júris;
d) Funcionar como elemento de contacto com todos os docentes, alunos e entidades externas interessados nos programas.
4 - A comissão coordenadora do conselho científico poderá nomear ainda uma comissão científica do Programa, que integrará, além dos elementos da CEPG, outros professores com competência científica nas áreas de Biologia, Bioquímica, Estatística e Informática.
5 - Compete à comissão científica do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática emitir parecer sobre a definição dos planos de estudos e avaliar, anualmente, o progresso dos alunos do programa de doutoramento.
4.º
Habilitações de acesso
1 - São admitidos como candidatos à inscrição no Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática os licenciados com formação em dois perfis distintos:
1.1 - Perfil 1: Biologia, Química e áreas afins (Farmácia, Medicina, etc.);
1.2 - Perfil 2: Informática, Estatística, Matemática Aplicada e áreas afins (Engenharia, etc.).
2 - São admitidos como candidatos à inscrição no programa de especialização e mestrado os licenciados, nos termos do n.º 1, com classificação igual ou superior a 14 valores.
3 - Excepcionalmente, em casos devidamente justificados, podem ser admitidos candidatos com classificação inferior a 14 valores após apreciação do seu currículo.
4 - São admitidos como candidatos ao programa doutoral:
a) Os detentores do grau de mestre;
b) Os licenciados, nos termos do número anterior, com classificação igual ou superior a 16 valores.
5.º
Processo de fixação do número de vagas
1 - A matrícula e a inscrição estão sujeitas a limitações quantitativas, a fixar anualmente por despacho do conselho científico.
2 - O despacho a que se refere o n.º 1 estabelecerá ainda qual o número mínimo de inscrições indispensável ao seu funcionamento.
6.º
Candidatura
Os prazos de candidatura são fixados anualmente pelo presidente do conselho directivo, sob proposta da CEPG.
7.º
Critérios de selecção dos candidatos
Na selecção dos candidatos à frequência do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática serão considerados os seguintes critérios:
a) Currículo académico e científico;
b) Currículo profissional;
c) Classificação obtida na licenciatura ou em habilitações legalmente reconhecidas.
8.º
Condições de matrícula e inscrição
Os candidatos à frequência do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática que tenham sido seleccionados deverão formalizar a matrícula e a inscrição em prazo a fixar anualmente pelo conselho directivo.
9.º
Estrutura curricular e plano de estudos
1 - A estrutura curricular e o plano de estudos são os que constam, respectivamente, dos anexos II e III deste regulamento.
2 - Os planos de estudos são fixados anualmente pelo conselho científico.
10.º
Regime de prescrições e limite de inscrições na parte curricular
1 - O aluno só pode inscrever-se duas vezes em cada disciplina
2 - A parte curricular terá de estar concluída até dois anos após a primeira inscrição.
11.º
Dissertações de mestrado e doutoramento
A apresentação das dissertações deve obedecer às seguintes normas:
a) O texto deve ser centrado em páginas de formato A 4 num espaço de cerca de 15 cm x 22 cm, com tipo de letra e espaçamento entre linhas de modo a permitir uma leitura fácil. Não deve ultrapassar cerca de 200 páginas, incluindo figuras, quadros e tabelas;
b) Os exemplares devem ser brochados ou encadernados. A capa deverá conter o símbolo da FCUL, o título da dissertação, o nome e o grau académico do candidato, a indicação do grau a que respeita a defesa da dissertação, a data da conclusão do trabalho e o nome do orientador;
c) A primeira página deve ser cópia da capa. As páginas seguintes devem incluir:
Resumos em português e em inglês (com cerca de 400 palavras cada);
Palavras chave em português e inglês;
Índices;
d) As referências bibliográficas e anexos deverão ser incluídos no final da dissertação;
e) A formatação deve ser feita segundo modelo aprovado pela Comissão Científica do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática.
12.º
Propinas
O montante das propinas e o respectivo regime de pagamento serão fixados por despacho conjunto dos conselhos directivo e científico, dentro dos limites fixados pelo senado universitário.
13.º
Diploma da parte curricular
1 - A aprovação nas disciplinas que integram a 1.ª fase do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática confere direito à atribuição de um diploma de especialização.
2 - A média final do curso a que se refere o n.º 1 é a média ponderada das classificações obtidas nas diferentes disciplinas, sendo arredondada à unidade a fracção não inferior a cinco décimas.
3 - Poderão ser concedidas certidões de aproveitamento em disciplinas isoladas.
PARTE II
Grau de mestre
14.º
Inscrição na 2.ª fase do curso de mestrado
Para passar à 2.ª fase do programa de mestrado, é necessária a obtenção, no mínimo, de 22 u. c., 60 ECTS, de acordo com um plano de estudos estabelecido, tendo em conta o seu perfil de formação anterior.
15.º
Processo de nomeação do orientador e termos a observar na orientação
1 - Até 30 dias após o início da 2.ª fase do programa de mestrado, os alunos devem entregar uma declaração indicando o orientador da dissertação, de entre os professores e investigadores da área de especialização que manifestarem a sua disponibilidade para o efeito.
2 - Os alunos que não consigam um orientador devem solicitar o apoio da CEPG.
3 - Os orientadores das dissertações são nomeados pelo conselho científico, sob proposta da respectiva CEPG.
4 - Um aluno poderá requerer à CEPG um novo orientador, justificando a sua pretensão.
5 - O sistema de orientação da dissertação deverá ser acordado entre o aluno e o orientador, segundo um plano e um calendário a estabelecer.
16.º
Regras sobre a apresentação e entrega da dissertação
1 - A entrega da dissertação deverá ocorrer até três anos após a primeira inscrição na parte curricular.
2 - Nos casos em que as disciplinas da parte curricular são obtidas por equivalência, o prazo para a entrega da dissertação é de dois anos.
3 - Terminada a elaboração da dissertação, o mestrando deve solicitar a realização das provas em requerimento dirigido ao presidente do conselho científico, acompanhado por:
3.1 - Dez exemplares policopiados da dissertação;
3.2 - Duas cópias da dissertação em suporte informático;
3.3 - Dez exemplares do curriculum vitae;
3.4 - Dez resumos da dissertação em inglês e em português, acompanhados da indicação de cerca de seis palavras chave.
3.5 - Índices.
4 - A tramitação do processo obedece ao estipulado no artigo 14.º do Decreto-Lei 216/92.
17.º
Regras de funcionamento do júri
1 - O júri para apreciação da dissertação é nomeado, nos 30 dias posteriores à respectiva entrega, pelo conselho científico.
2 - O júri é constituído da seguinte forma:
a) Um professor do Departamento de Informática ou do de Estatística e Investigação Operacional;
b) Um professor do Departamento de Biologia ou do de Química e Bioquímica;
c) Um professor da área científica específica do mestrado pertencente a outra universidade;
d) O orientador da dissertação.
3 - O júri pode integrar, para além dos elementos referidos no número anterior, mais um ou dois professores da Universidade de Lisboa.
4 - O júri é presidido pelo membro que, pertencendo à Universidade de Lisboa, seja o professor mais antigo da categoria mais elevada, desde que não seja o orientador.
5 - No caso de impedimento deste último, a presidência do júri é assumida pelo membro que se lhe segue segundo o mesmo critério.
PARTE III
Grau de doutor
18.º
Inscrição na 2.ª fase do programa doutoral
1 - Para passar à 2.ª fase do programa doutoral, é necessária a obtenção, no mínimo, de 22 u. c., 60 ECTS.
2 - Todos os alunos de doutoramento em Bioinformática participarão num seminário doutoral organizado pela CEPG.
3 - Para apreciação do plano de investigação projectada, prevista no Programa de Formação Pós-Graduada da FCUL (deliberação do senado n.º 45/2002, de 25 de Novembro), a CEPG nomeará uma comissão de acompanhamento (CA).
4 - Os candidatos à passagem à 2.ª fase do programa doutoral apresentarão os seus planos de investigação, à CA, numa prova de qualificação que inclui uma apresentação do plano de trabalho.
19.º
Nomeação do orientador
No início da 2.ª fase será nomeado o orientador, que se responsabilizará pelo acompanhamento do aluno, nos termos do Decreto-Lei 216/92, de 13 de Outubro, e do Regulamento de Doutoramentos da Universidade de Lisboa.
20.º
Composição e competências da CA
1 - A comissão de acompanhamento será composta da seguinte forma:
a) O professor-coordenador ou um delegado por ele indicado;
b) O orientador da dissertação e o co-orientador, se existir;
c) Um doutorado na área científica do plano apresentado (preferencialmente externo à FCUL);
d) Um elemento de um departamento diferente do do orientador.
2 - Compete à comissão de acompanhamento:
a) Determinar se a apresentação do plano de trabalho é pública ou restrita;
b) Reportar explicitamente, após a prova de qualificação, sobre:
A existência de formulação de hipóteses científicas;
A apresentação da metodologia seguida e o calendário de realização
A referência a trabalhos científicos anteriores, de relevo, relacionados;
A relevância e contribuição original do trabalho científico proposto.
21.º
Preparação das provas de doutoramento
1 - Durante a 2.ª fase, os alunos devem fazer, pelo menos uma vez por ano, uma apresentação pública do seu trabalho num seminário doutoral ou conferência/workshop no tema da sua dissertação.
2 - Os orientadores devem entregar um relatório anual do progresso dos respectivos alunos.
3 - O progresso dos alunos é avaliado anualmente em reunião da Comissão Científica do Programa de Estudos Pós-Graduados em Bioinformática.
4 - Os alunos são informados, pela CEPG, do resultado dessa avaliação.
22.º
Constituição do júri
Para além das regras constantes do Decreto-Lei 216/92, de 13 de Outubro, e do Regulamento de Doutoramentos da Universidade de Lisboa, o júri das provas de doutoramento deverá integrar um elemento da FCUL da mesma área científica e outro de um departamento da FCUL diferente daquele a que pertence o orientador da dissertação.
PARTE IV
Disposições finais
23.º
Distinções
1 - Anualmente, sob proposta da CEPG, serão atribuídas as seguintes distinções:
a) Melhor dissertação de mestrado em Bioinformática;
b) Melhor dissertação de doutoramento em Bioinformática.
2 - Em cada ano lectivo, apenas haverá um distinguido em cada categoria.
3 - Podem ser atribuídas até duas menções honrosas por categoria. No caso de haver menos de cinco candidaturas numa categoria, não haverá atribuição de distinção e estas serão avaliadas em conjunto com as do ano seguinte.
24.º
Disposições finais
As matérias não referidas neste regulamento regem-se pelo Decreto-Lei 216/92, de 13 de Outubro, pelo Regulamento de Doutoramentos da Universidade de Lisboa e pela deliberação 282/2003, publicada no Diário da República, 2.ª série, n.º 47, de 25 de Fevereiro de 2003.
18 de Agosto de 2003. - Pelo Vice-Reitor, o Vice-Reitor J. Sousa Lopes.
ANEXO I
Tabela de classificação
Classificação ECTS ... Classificação PT equivalente
A ... 18
B ... 16
C ... 14
D ... 12
E ... 10
ANEXO II
Estrutura curricular
1.ª fase
1 - Duração - dois semestres lectivos.
2 - Condições necessárias à concessão do diploma - no mínimo, 22 u. c., 60 ECTS.
2.ª fase
3 - Condições necessárias à concessão do grau de mestre:
a) Conclusão da 1.ª fase do Programa de Estudos Pós-Graduados;
b) Elaboração de uma dissertação especialmente escrita para o efeito, sua discussão e aprovação.
4 - Condições necessárias à concessão do grau de doutor:
a) Conclusão da 1.ª fase do Programa de Estudos Pós-Graduados;
b) Frequência de seminário doutoral;
c) Elaboração de uma dissertação especialmente escrita para o efeito, sua discussão e aprovação.
ANEXO III
Plano de estudos
Disciplinas ... Sem. ... ECTS ... u.c.
Ob. ... Introdução à Bioinformática ... 1 ... 6 ... 3
Ob. ... Bioestatística ... 1 ... 6 ... 3
Ob. ... Computação de Inspiração Biológica ... 1 ... 4 ... 1,5
Ob. ... Biodiversidade ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Introdução à Programação ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Algoritmos e Estruturas de Dados ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Introdução às Bases de Dados ... 1 ... 6 ... 3
Op. ... Genética Molecular ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Estruturas Moleculares, Metab. e Diversidade ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Engenharia Genética ... 1 ... 4 ... 1,5
Op. ... Lab. de Biologia e Bioquímica ... 1 ... 2 ... 1
Ob. ... Estrutura e Função de Proteínas ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Análise Genética ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Filogenética e Evolução Molecular ... 2 ... 4 ... 1
Ob. ... Genética de Populações ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Genómica Funcional e Comparativa ... 2 ... 4 ... 1
Ob. ... Expressão Genética e Microarrays ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Data Warehousing e Data Mining ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Limites e Expectativas em Bioinformática ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Identificação e Predição de Genes ... 2 ... 4 ... 1
Ob. ... Proteómica, Transcritómica e Metabolómica ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Ontologia de Genes ... 2 ... 2 ... 0,5
Ob. ... Dinâmica de Populações e Epidemiologia ... 2 ... 2 ... 0,5
Notas
1 - As disciplinas a frequentar por cada aluno são determinadas em função de um perfil que lhe é atribuído e resulta da sua preparação básica ao nível do seu curso de licenciatura.
2 - Estas disciplinas podem não ser oferecidas em regime puramente semestral, mas sob a forma de seminários/cursos intensivos calendarizados em períodos curtos durante uma parte de um semestre.
3 - Ob. - disciplinas obrigatórias.
4 - Op. - disciplinas opcionais.
