Constitui a comissão de acompanhamento com o objectivo de acompanhar a execução do estabelecido no Decreto-Lei n.º 236/98 de 1 de Agosto que estabeleceu as normas, critérios e objectivos de qualidade com a finalidade de proteger o meio aquático e melhorar a qualidade das águas. A comissão de acompanhamento é presidida pelo Instituto da Água e integra um representante de cada uma das seguintes entidades. Direcções regionais do ambiente; Direcção-Geral das Florestas; Direcção-Geral das Pescas e Aquicultura; Direcção-Geral da Saúde; Delegações regionais de saúde; Instituto da Conservação da Natureza; Instituto de Investigação das Pescas e do Mar; Serviços e organismos da Região Autónoma dos Açores; Serviços e organismos da Região Autónoma da Madeira.